IDENTIFIKASI FARMAKOFOR





Farmakofor adalah susunan tiga dimensi dari atom dalam molekul obat yang memungkinkan untuk berikatan   dengan reseptor yang diinginkannya dan bertanggung jawab dengan respon biologis karena terikat dengan reseptor yang dikehendakinya.

IDENTIFIKASI PHARMACOPHORE

  1. Menentukan gugus molekul yang akan berikatan dengan reseptor 
  2. Menentukan  posisi relatif dari kelompok pengikat obat dengan reseptor
  3. Perlu diketahui konformasi aktif  dari molekul obat.
  4. Penting untuk desain obat  
  5. Penting untuk penemuan obat 

Respons biologis merupakan akibat interaksi molekul obat dengan gugus fungsional molekul reseptor. Interaksi ini dapat berlangsung karena kekuatan ikatan kimia tertentu.

Ada beberapa ikatan yang dapat di identifikasi berdasarkan struktur 3 dimensi suatu molekul yaitu :

   a.    Ikatan hidrogen

Ikatan hidrogen adalah suatu ikatan antara atom H yang mempunyai muatan positif parsial dengan atom lain yang bersifat elektronegatif dan mempunyai sepasang elektron bebas dengan oktet lengkap seperti O, N, F. Atom yang bermuatan positif parsial dapat berinteraksi dengan atom negatif parsial dari molekul atau atom lain yang berbeda ikatan kovalennya dalam satu molekul.

Contoh : H2O




    b. Ikatan Kovalen

Ikatan kovalen terbentuk bila ada dua atom saling menggunakan sepasang elektron secara bersama-sama. Ikatan kovalen merupakan ikatan kimia yang paling kuat dengan rata-rata kekuatan ikatan 1000 kkal/mol. Dengan kekuatan ikatan yang tinggi ini, pada suhu normal ikatan bersifat ireversibel dan hanya dapat pecah bila ada pengaruh katalisator enzim tertentu. Interaksi obat-katalisator melalui ikatan kovalen menghasilkan kompleks yang cukup stabil dan sifat ini dapat digunakan untuk tujuan pengobatan tertentu.
   
   c. Ikatan Van Der Waal’s
Ikatan van der waal’s merupakan kekuatan tarik-menarik antar molekul atau atom yang tidak bermuatan dan letaknya berdekatan atau jaraknya ± 4-6 Å. Ikatan ini terjadi karena sifat kepolarisasian molekul atau atom. Meskipun secara individu lemah tetapi hasil penjumlahan ikatan van del waal’s merupakan faktor pengikat yang cukup bermakna terutama untuk senyawa-senyawa yang mempunyai berat molekul tinggi. Ikatan van der waal’s terlibat pada interaksi cincin benzen dengan daerah bidang datar reseptor dan pada interaksi rantai hidrokarbon dengan makromolekul protein atau reseptor.
 
   d. Ikatan ion
Ikatan ion adalah ikatan yag dihasilkan oleh daya tarik menarik elektrostatik antara ion-ion yang muatannya berlawanan. Kekuatan tarik-menarik akan makin berkurang bila jarak antar ion makin jauh dan pengurangan tersebut berbanding terbalik dengan jaraknya.
 
pertanyaan:
1. berikan contoh dari ikatan kovalen, ikatan van der waal's, dan ikatan ion.
2. bagaimana cara melakukan identifikasi senyawa farmakofor.
3. reseptor apa yang dapat berikatan dengan farmakofor.
4. apa yang dimaksud dengan konformasi aktif.
5. bagaimana cara untuk melihat konfirmasi aktif dari suatu moleku.


·        

·   

·
 

Komentar

  1. Unknown13 Oktober 2017 pukul 08.02

    Hai raras.
    Terkait pertanyaan no 1, saya akan mencoba menjawab.
    Contoh ikatan kovalen Klorin (Cl2). Dua atom klor tersebut bergabung membentuk ikatan kovalen. Kedua atom tetap terikat satu sama lain karena masing-masing elektron tertarik oleh kedua inti atom. Dari ikatan ini terbentuk senyawa yang disebut senyawa kovalen.
    Contoh gaya van der waals terdapat pada senyawa hidrokarbon. Misalnya pada senyawa CH4. Perbedaan keelektronegatifan C (2,5) dengan H (2,1) sangat kecil, yaitu sebesar 0,4.
    Contoh ikatan ion adalah garam dapur. garam dapur rumus kimianya NaCl (Natrium klorida). Dalam NaCl padat terdapat ikatan antara ion Na+ dan ion Cl–dengan gaya elektrostatik sehingga disebut ikatan ion. Bentuk kristal NaCl merupakan rangkaian antara ion Na+ dan ion Cl–.

    BalasHapus
  2. Nurhasanah18 Oktober 2017 pukul 07.30

    saya akan mnjwab pertanyaan nmr 2
    dari artikel yg saya baca bahwa menentukan Identifikasi farmakofor yaitu

    · Menentukan posisi 3D obat dengan target


    · Mengetahui gugus penting dapat terikat dengan reseptor


    · Untuk mengetahui konformasi aktif dari molekul


    · Penting sebagai dasar merancang obat


    · Penting dalam hal menemukan obat baru

    BalasHapus
    Balasan
    1. Yasir31 Oktober 2017 pukul 23.59

      Saya setuju dengan pendapat kakak, jd hanya menambahkan saja. Cara identifikasi farmakopor :
      Secara konvensional yang biasa dilakukan adalah
      isolasi senyawa yang diduga mempunyai aktivitas dan
      kemudian diuji dengan enzim yang sesuai dengan
      aktivitasnya sampai ditemukan senyawa yang sangat
      potensial. Dengan peran kimia komputasi medisinal
      dapat menggambarkan senyawa secara tiga dimensi
      (3D) dan dilakukan komparasi atas dasar kemiripan
      dan energi dengan senyawa lain yang sudah diketahui
      aktivitasnya (pharmacophore query). Berbagai
      senyawa turunan dan analog dapat “disintesis” secara
      in silico atau yang sering diberi istilah senyawa
      hipotetik. Aplikasi komputer melakukan kajian
      interaksi antara senyawa hipotetik dengan reseptor
      yang telah diketahui data struktur 3D secara in silico.
      Kajian ini dapat memprediksi aktivitas senyawa-
      senyawa hipotetik dan sekaligus dapat mengeliminasi
      senyawa-senyawa yang memiliki aktivitas rendah

      Hapus
  3. Annisa Khoyyiroh20 Oktober 2017 pukul 01.34

    saya akan mencoba menjawab no 4
    sebuah bentuk stereoisomerisme dari molekul-molekul dengan rumus struktural yang sama namun konformasi yang berbeda oleh karena rotasi atom pada ikatan kimia dan
    Konformasi aktif diperlukan untk mengidentifikasi farmakofor 3D

    BalasHapus
  4. Unknown28 Oktober 2017 pukul 05.29

    1. ikatan ion Na + Cl → Na+ + Cl- → NaCl

    BalasHapus
  5. Unknown29 Oktober 2017 pukul 03.18

    4.
    Konformasi aktif adalah sisi aktif Glikogen fosforilase yang diatur oleh modifikasi kovalen.

    BalasHapus
  6. Sholeha Annisa Martines29 Oktober 2017 pukul 07.19

    Saya ingin menjawab pertanyaan nomor 1 yaitu :
    1. Ikatan ionik : Atom logam (energi ionisasi rendah) cenderung melepaskan elektronnya, lalu diterima oleh atom nonlogam (afinitas elektron besar). Dari proses transfer elektron dari atom logam ke atom nonlogam ini akan terbentuk ion positif dan ion negatif dengan konfigurasi elektron gas mulia yang saling tarik menarik dengan gaya elektrostatis yang disebut ikatan ionik. Sebagai contoh, dalam pembentukan senyawa ionik NaCl terjadi transfer elektron dari atom Na ke atom Cl.
    2. Ikatan kovalen : Atom-atom nonlogam cenderung tidak ingin melepaskan elektronnya (energi ionisasi tinggi) dan ingin menarik elektron-elektron dari atom lainnya (afinitas elektron besar) sehingga terdapat satu atau lebih pasangan elektron yang dipakai untuk berbagi bersama. Ikatan kimia yang terbentuk dari sharing elektron terlokalisasi antara atom ini disebut ikatan kovalen. Sebagai contoh, 2 atom H berikatan kovalen membentuk molekul H2 dan 2 atom Cl berikatan kovalen membentuk molekul Cl2.
    3. Gaya Van Der Waals : terjadi akibat interaksi antara molekul-molekul non polar (Gaya London), antara molekul-molekul polar (Gaya dipole-dipol) atau antara molekul non polar dengan molekul polar (Gaya dipole-dipol terinduksi). Ikatan Van Der Waals terdapat antar molekul zat cair atau padat dan sangat lemah. Contoh gaya van der waals terdapat pada senyawa hidrokarbon. Misalnya pada senyawa CH4


    BalasHapus
  7. Unknown1 November 2017 pukul 07.58

    sepertinya farmakofor memang sangat penting dalam desain obat baru. Farmakofor adalah susunan tiga dimensi dari atom dalam molekul obat yang memungkinkan untuk berikatan dengan reseptor yang diinginkannya dan bertanggung jawab dengan respon biologis karena terikat dengan reseptor yang dikehendakinya.

    BalasHapus
  8. Unknown1 November 2017 pukul 10.31

    Untuk jawaban nomer 1:

    contoh ikatan kovalen
    -HCl

    contoh ikatan ikatan van der waals
    -H3O+

    contoh ikatan ion
    -NaCl

    BalasHapus

Posting Komentar

Postingan populer dari blog ini

FENOTIAZIN

Gambar
FENOTIAZIN Fenotiazin adalah antagonis dopamin dan bekerja sentral dengan cara menghambat chemoreseptor trigger zone . Obat ini dipakai untuk profilaksis dan terapi mual dan muntah akibat penyakit neoplasia, pasca radiasi, dan muntah pasca penggunaan obat opioid, anestesia umum, dan sitotoksik. Efek sedasi proklorperazin, ferfenazin, dan trifluoperazin lebih rendah dibanding klorpromazin. Reaksi distonia berat kadang-kadang muncul pada pemakaian fenotiazin, terutama pada anak-anak. Obat antipsikotik lainnya, termasuk haloperidol dan levomepromazin (metotrimeperazin) juga digunakan untuk meringankan gejala mual. Beberapa fenotiazin tersedia dalam bentuk suposituria yang dapat bermanfaat bagi pasien yang mengalami muntah terus menerus atau mual berat. Proklorperazin juga tersedia dalam bentuk tablet bukal yang diletakkan diantara bibir atas dan gusi. Fenotiazin dibagai kedalam tiga kelompok yaitu alifatik, piperazin dan piperadin yang perbedaan utamanya terutama pada efek samping...
Baca selengkapnya